日本位于亚洲大陆以东，是太平洋上一个呈弧形的岛国。其领土由本州、北海道、九州和四国四个大岛组成（按从大到小的顺序），此外还包括众多较小的岛屿。太平洋位于日本以东，日本海和东中国海将日本与亚洲大陆分割开来。

    日本与地中海以及北美的洛杉矶市大致处于同一纬度；而巴黎和伦敦的纬度则略高于北海道北端。

    日本的总面积约为378,000平方公里，与德国、芬兰、越南和马来西亚大致相同。其面积仅相当于美国的1/25，小于加利福尼亚州。
    日本的海岸线各具特色，在一些地方，如千叶县的九十九里滨，长长的沙质海滩几乎呈一条直线，绵延伸展足有60 公里；而长崎县的海岸则以半岛、水湾和近海岛屿为特征，如五岛群岛、对马岛和壹岐岛，都位于该县境内。由于地壳的运动，以前的部分海岸线被海水所淹没，形成众多的水湾和峭壁，使得这一地区的海岸崎岖不平。

    一股称为黑潮(Kuroshio)（或日本海流）的暖流沿日本群岛南部向东北方向流动，它的支流—对马海流沿日本西海岸流入日本海。另一股称为亲潮(Oyashio)（或千岛海流）的寒流则沿日本东海岸从北向南流动，它的支流—利曼海流从北面流入日本海。暖流和寒流的交汇造就了日本近海水域丰富的渔业资源。